Второй сезон «Мастера Муси» возвращает нас в Японию конца XIX века, на стыке древних верований и нового времени. Главный герой, Гинко, — загадочный путешественник со седыми волосами и вечной сигаретой, чьё призвание — изучать и примирять людей с «муси». Эти существа, живущие в потемках между мирами, не злы и не добры: они просто часть природного равновесия, способные как исцелить, так и разрушить.
В фольклоре и древних преданиях Японии упоминаются существа, не похожие ни на животных, ни на растения — их называют муси. Они существуют параллельно с миром людей, иногда пересекаются с ним, вызывая необъяснимые явления, болезни или чудеса, которые обыватели принимают за работу духов или проклятий.