Рассказ возвращает нас к истории братьев Эдварда и Альфонса Элриков, которые после череды тяжелых испытаний сталкиваются с угрозой, способной уничтожить весь мир. Их путь к разгадке старых тайн и исправлению ошибок, допущенных в прошлом, становится еще сложнее, когда на их пути встают силы, которые не поддаются обычным алхимическим правилам.
Действие разворачивается в 1614 году, когда Япония, измученная вековыми войнами, наконец объединена под железной властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. Но для двух древних кланов ниндзя — Кога и Ига — это время не мира, а окончательного расплаты. Centuries of vendetta вот-вот должны закончиться тотальным уничтожением, и последней надеждой становится не битва, а любовь.