Судьбоносный случай превращает обычную девушку Софию в заложницу. Её похищает незнакомец Райан, который безжалостно связывает и увозит в неизвестном направлении. Запертая на заднем сиденье своего же автомобиля, она лишена возможности двигаться и кричать, а её шансы на спасение с каждой минутой тают.
После смерти дедушки, чьи фантастические истории о приюте для странных детей казались детской выдумкой, подросток Джейкоб получает загадочное письмо. Его путешествие на отдалённый остров приводит к невероятному открытию: мифы были правдой. Он находит Мисс Перегрин и её подопечных — детей с уникальными, порой сверхъестественными способностями, живущих в петле времени, повторяющей один день 1943...