События разворачиваются во время очередной автомобильной поездки Шэгги Роджерса и его верного пса Скуби-Ду, которые вместе с маленьким Скрэпи-Ду сбиваются с пути и вынуждены искать укрытие на ночь в старинном особняке на окраине города. Постепенно герои узнают, что его покойный владелец спрятал здесь целое состояние, и у них есть всего несколько часов, чтобы отыскать клад до рассвета.
Спокойная жизнь скрипача-неудачника Ричарда Дрю рушится в одно мгновение из-за злой шутки друга, спрятавшего всю его обувь. Оставшись в двух разноцветных ботинках, он случайно привлекает внимание агента ЦРУ, который принимает его за опасного курьера мафии. Эта досадная ошибка запускает цепь нелепых событий: вся шпионская сеть начинает слежку за ни в чём не повинным музыкантом, а гангстеры...
Этот мультсериал представляет собой необычную главу в истории знаменитого пса. Вместо обычных расследований мошенничеств Скуби-Ду, Шегги, Дафна и Скреппи оказываются втянутыми в гонку с могучими духами из мифологии. Им на помощь приходят два новых, ключевых персонажа: могущественный, но неуклюжий волшебник Винсент Ван Гоблин и его хитрый юный ученик Флимфлам.