«Яблочное зёрнышко: Проект Альфа» — это приквел, который переносит зрителей в прошлое, задолго до событий оригинального фильма. Картина исследует суровые истоки пути двух ключевых персонажей — киборга Дюнан и могучего биоробота Бриарея — в мрачном постапокалиптическом мире. Их судьбы сталкиваются в руинах нео-Токио, где выживание зависит от мастерства и доверия.
В этом спин-оффе популярной франшизы о приключениях могущественной волшебницы Лины Инверс и её вечной попутчицы Наги Серпент герои попадают в необычный населенный пункт, который славится своими мастерами по изготовлению оживших големов. По стечению обстоятельств они знакомятся с дочерью одного из самых известных местных ремесленников, который уже давно отказался от этой работы.