Глубоко в арктической пустыне, где царит полярная ночь и безмолвие, работает международная научная экспедиция. Их задача — исследовать последствия глобального потепления и анализировать таяние древних ледников. Работа идёт в автономной лаборатории, отрезанной от цивилизации сотнями километров ледяной пустыни.
После закрытия дела о враждебном захвате и вынужденного ухода из ФБР Фокс Малдер занимается частными расследованиями, а Дана Скалли работает врачом в одной из клиник Вашингтона. Коллеги по бывшей службе обращаются к ним за помощью: в Вирджинии без вести пропала молодая сотрудница, занимавшаяся делами о пропавших людях, а обычные методы следствия не дают никаких зацепок.
Второй полнометражный фильм по культовому американскому сериалу «Секретные материалы», вышедший в 1998 году, логично продолжает сюжетную арку проекта, разворачивающуюся между пятым и шестым сезоном. История возвращает зрителей к привычной паре спецагентов ФБР, расследующих необъяснимые дела, связанные с паранормальными явлениями и закулисными манипуляциями властей.