Действие разворачивается в будущем, где человечество выживает на орбитальных станциях после таинственного исчезновения небесных тел. Десятилетия спустя на покинутой луне находят аномальное море, состоящее из жидкой крови. Эта находка обещает жизненно важные ресурсы, но исследование требует спуска в невероятно глубокие и тёмные воды.
Катастрофическое столкновение с доктором Эггманом привело к невообразимому бедствию — Великий Камень расколол Вселенную на бесчисленные параллельные миры. Теперь знаменитый синий еж Соник, оказавшись в изоляции от своих товарищей, вынужден отправиться в опаснейшее путешествие по этим альтернативным реальностям.