Действие фильма разворачивается в СССР на рубеже 1987 года, когда молодую специалиста по эпидемиологии Анну Фёдорову прямо с праздничного застолья вызывают в срочную командировку. Ей предстоит отправиться на самый масштабный секретный объект страны — Кольскую сверхглубокую скважину, где произошло непонятное чрезвычайное происшествие.
Майор МВД Сергей Грач получает тяжелое ранение в голову во время операции по освобождению заложника. Врачи не могут извлечь пулю, и он чудом выживает после клинической смерти, в которой успевает увидеть знаменитый «тоннель», о котором часто говорят люди, возвращающиеся из состояния комы. После выздоровления к Грачу начинают являться призраки людей, убитых преступниками, чьи дела так и не были...
«Мистер Фримен» — это уникальный культурный феномен рунета, родившийся в далеком 2009 году. Сериал сразу заявил о себе как о чем-то принципиально ином: не развлекательном комиксе, а остром социально-философском манифесте, доставленном до зрителя в formе минималистичных черно-белых мультипликационных роликов.