Рассказ возвращает нас к истории братьев Эдварда и Альфонса Элриков, которые после череды тяжелых испытаний сталкиваются с угрозой, способной уничтожить весь мир. Их путь к разгадке старых тайн и исправлению ошибок, допущенных в прошлом, становится еще сложнее, когда на их пути встают силы, которые не поддаются обычным алхимическим правилам.
История разворачивается в реабилитационном центре, расположенном в стенах закрытой психиатрической больницы, пережившей множество печальных событий в своей истории. Главный герой — молодой врач, который до сих пор не может прийти в себя после внезапной смерти близкой подруги, и соглашается на предложение её брата подменить его на несколько ночных смен, чтобы тот успел решить накопившиеся...
Фильм продолжает историю легендарного изгоя-самурая Химуры Кэнсина, который пытается жить по новым законам мирной эпохи Мэйдзи, оставив за собой кровавое прошлое. Его старая клятва не обнажать меч оказывается под угрозой, когда на арену выходит Макото Сишио — харизматичный и безжалостный революционер.
Третий и заключительный фильм трилогии по культовой манге Нобухиро Вацуuki, снятый режиссером Кэйдзи Отомо, завершает историю Химуры Кэнсина — бывшего иссин-сэя эпохи Мэйдзи, который после окончания гражданской войны в Японии поклялся никогда больше не убивать людей и путешествует по стране под именем бродяги, защищая слабых от обидчиков.