После событий первой части Соник обосновался в Грин-Хиллз, но тихая жизнь не для героя с его скоростью. Шанс доказать свою зрелость и храбрость выпадает сразу: доктор Эггман (Роботник) не сдался и вернулся с новым, ещё более грозным союзником — могучим ехидной Наклзом. Их цель — древний и бесценный Мастер-изумруд, артефакт, способный поглощать целые миры.
Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи бизнесмен, для которого работа всегда на первом месте. Даже подарок дочери на день рождения он покупает в последний момент, и им становится экзотический кот по кличке Мистер Пушистые Штаны. По пути на праздник с Томом случается трагефикация, после которой он приходит в себя в неожиданном облике — его сознание оказывается в теле этого самого кота.