Прямой сиквел финального сезона культового научно-фантастического сериала «Звездные врата: SG-1», который закрывает ключевые сюжетные линии франшизы и не требует предварительного просмотра всех предыдущих проектов для понимания истории. Действие разворачивается сразу после того, как команда SG-1 предотвратила попытку Орайев захватить Землю, но угроза все еще остается актуальной.
После закрытия дела о враждебном захвате и вынужденного ухода из ФБР Фокс Малдер занимается частными расследованиями, а Дана Скалли работает врачом в одной из клиник Вашингтона. Коллеги по бывшей службе обращаются к ним за помощью: в Вирджинии без вести пропала молодая сотрудница, занимавшаяся делами о пропавших людях, а обычные методы следствия не дают никаких зацепок.