Орион — обычный мальчик, чья жизнь омрачена множеством фобий: от боязни высоты и животных до панического ужаса перед темнотой. Его вселенная — это безопасная, хорошо освещённая комната за пределами которой начинается непознаваемое и пугающее. Всё меняется, когда к нему в гости приходит сама Темнота — не как угроза, а как живое, остроумное и уставшее от постоянного непонимания существо.
После событий первого фильма на тропических островах царит хрупкое перемирие. Птицы, привыкшие к беззаботной жизни, и зеленые свиньи, постоянно изобретающие новые способы украсть яйца, ведут ленивую перестрелку, которая больше напоминает рутину, чем настоящий конфликт. Однако спокойствие нарушает появление таинственной ледяной островной правительницы Зеты.
Полнометражное продолжение истории культовых персонажей из вселенной «Мадагаскар», которые уже успели завоевать популярность у зрителей по всему миру. Четверка бесстрашных пингвинов-шпионов, возглавляемых хладнокровным Шкипером, вместе с его верными соратниками Ковальски, Рико и Прапором, привыкли решать самые сложные задачи, не страшась никаких опасностей.