Аниме-сериал «Дева Мария наблюдает за вами» переносит зрителя в атмосферу закрытой элитной школы святой Лилианы, где с начала XX века существует уникальная «система сестёр». Старшие ученицы, носящие титулы Роз (Хиненсис, Фетида, Гигантея), становятся наставницами и покровительницами для младших, которых называют «бутонами».
События разворачиваются вокруг Кагомэ Хигураси, обычной ученицы средней школы из Токио, которая через старый колодец семейного храма переносится в далёкое прошлое — в период Сэнгоку. Там её ждёт судьбоносная встреча с Инуясей, полу-демоном, владеющим мечом Тэсаига. Его главная цель — восстановить древний артефакт, Камень Четырёх Душ, разбитый на части и разбросанный по всей Японии.