Два брата-водопроводчика из Бруклина, Марио и Луиджи, случайно открывают портал в параллельное измерение — подземный мир, населённый потомками динозавров и жестоким диктатором Купой. Тот планирует вторжение на Землю, а ключ к победе — хрустальный метеорит, носимый принцессой Дэйзи. Спасая её, братья вынуждены столкнуться с полчищами гойлеров, безумными технологиями и собственными страхами.
В глухой джунглях, хранимых древней магией, обитают удивительные создания — от забавных гномов до грациозных фей. Их мир рушится, когда из недр Земли вырывается Хексус, дух разрушения, жаждущий боли и хаоса. Жители леса, объединив силы природы, удачно заточают его в гигантское дерево, но победа оказывается временной.