В день, когда учёные объявляют об открытии в Солнечной системе планеты, идентичной Земле, жизнь студентки Рудьи Арчер трагически меняется. В пьяной отчаянии она сбивает на машине человека, погружаясь в тюрьму и чувство вины. Через годы, выйдя на свободу, она пытается начать новую жизнь, но тайна параллельного мира и её прошлое не отпускают.
Третья и заключительная часть культовой научно-фантастической трилогии братьев Вачовски продолжает историю борьбы освобожденного человечества против машин. После событий «Матрицы: Перезагрузки» война достигла решающего этапа: огромная армия машин-стражей осаждает подземный город Зион, последнее прибежище людей.