Перед зрителями снова появляется один из самых харизматичных персонажей вселенной «Шрека» — Кот в сапогах, известный своими отважными авантюрами, умом и любовью к азартным играм. После череды не слишком удачных приключений, которые подорвали его репутацию отважного героя, он вынужден скрываться от преследователей в таверне на окраине испанского городка, где знакомится с неожиданными союзниками.
После смерти папы римского мира охватывает тревога: в Ватикане начинается конклав — тайное собрание кардиналов для избрания нового главы католической церкви. Но торжественная церемония мгновенно превращается в кошмар, когда выясняется, что могущественный и жестокий орден Иллюминатов, уничтоженный столетия назад, снова активизировался.