Даиго Агава, полицейский из крупного города, получает неожиданное назначение в глухую лесную деревню, куда он переезжает вместе с женой и маленькой дочерью. С первого взгляда местные жители кажутся гостеприимными и радушно принимают новеньких в своё тесное, почти родственное сообщество, где все знают друг друга и живут по неписаным правилам.
Аниме «Никуко из Рыбацкой гавани» переносит зрителя в уютный, немного уставший от времени рыбацкий порт, где главные героини — мать Никуко и её дочь — делают свой дом на старой, но ухоженной лодке. Их жизнь течёт в ритме моря: утро начинается с работы, день наполнен общением с колоритными соседями-рыбаками, а вечером зажигается свет в маленьком иллюминаторе.