В далёком будущем, к 2025 году, Земля стала полноправным участником межпланетного сообщества. В мегаполисе Нью-Тек-Сити тайно базируется местное отделение Космического патруля Дельта (S.P.D.) — элитное подразделение, готовое отражать угрозы из космоса. Его основатель, последний выживший с планеты Сириус Догги Крюгер, много лет готовил команду к неизбежному возвращению старых врагов.
Третья и заключительная часть культовой научно-фантастической трилогии братьев Вачовски продолжает историю борьбы освобожденного человечества против машин. После событий «Матрицы: Перезагрузки» война достигла решающего этапа: огромная армия машин-стражей осаждает подземный город Зион, последнее прибежище людей.