Действие фильма разворачивается в труднодоступной северной шведской деревне XIX века, где суровый климат и полная изоляция от внешнего мира только укрепляют устаревшие жестокие порядки. Местные жители живут по строгим религиозным догмам, которые безоговорочно оправдывают абсолютную власть хозяев земли над всеми, кто зависит от них экономически.
Фанни и Александр — последняя полнометражная работа Ингмара Бергмана, которую режиссер снял после объявления о завершении карьеры, и которую изначально планировал как многосерийный телевизионный проект. В основу сюжета легли отчасти автобиографические воспоминания Бергмана о собственном детстве, связанном с миром театра, где служил его отец, и сложных переживаниях, связанных с потерей близких.