Элай, подросток из скромной семьи, попадает в конфликт с честным, но суровым приемным отцом после отчисления из школы. Ситуация обостряется с возвращением из тюрьмы родного сына отца, который тут же влезает в долги перед опасными людьми. Когда братья оказываются на грани, Элай, исследуя заброшенный дом, обнаруживает там странный артефакт неземного происхождения — высокотехнологичное оружие.
После катаклизма, произошедшего в финале «Дней Минувшего Будущего», мир постепенно приходит в себя: мутанты больше не являются объектом массового преследования, но равноправие между людьми и носителями генов X все еще остается иллюзией, а на горизонте уже появляется новая угроза, способная стереть с лица Земли все живое.