Академия ниндзя — это лёгкая комедийная картина конца 1980-х, которая пародирует штампы боевиков про восточные единоборства, пользовавшиеся огромной популярностью в то время. Создатели не берутся за серьёзное раскрытие философии каратэ или ниндзюцу, а играют на узнаваемых для зрителя клише, смешивая их с абсурдными бытовыми ситуациями и простыми, но смешными шутками.
57-летний успешный бизнесмен Торнтон Мелон, чья империя магазинов «Большой и толстый» процветает, получает шокирующее известие от сына Джейсона. Письма из колледжа, полные рассказов об академических успехах, выступлениях в команде по прыжкам в воду и внимании девушек, оказывается, были лишь выдумкой отчаявшегося юноши.
Нерд Барри, вечно становящийся объектом насмешек, мечтает покорить сердце самой популярной девушки школы. Его шанс приходит в виде рискованного химического эксперимента, который заканчивается небольшим взрывом и ударом по голове. Проснувшись, парень обнаруживает у себя невероятный дар — способность управлять предметами на расстоянии.