После событий первой части Нью-Йорк снова на грани хаоса. Шреддер, заключённый в тюрьму, получает неожиданную помощь от профессора Стокмана и клана Фут. Используя передовые технологии, злодей разрабатывает план побега, который должен привести к катастрофическим последствиям для города. Эйприл О'Нил, раздобыв ключевую информацию из файлов учёного, пытается предупредить героев.
