Фильм «Питер Пэн и Алиса в стране чудес» предлагает взглянуть на истоки двух культовых сказок, соединяя их в одну трогательную историю о детстве и семье. Ребятёнок Алиса и её старший брат Питер живут в доме, где реальность переплетается с вымыслом благодаря своим родителям. Мать, полная нежности и заботы, и отец, чей ум — постоянный фантазёр, дарят детям самое ценное: веру в чудо.
Действие фильма разворачивается в мире волшебников в середине XX века, за несколько лет до начала событий основной серии о Гарри Поттере. Могущественный темный волшебник Геллерт Грин-де-Вальд, считающий, что волшебники должны править немагическим миром и не скрывать свою сущность, сбегает из американской тюрьмы для особо опасных преступников и начинает собирать сторонников по всему миру.