Галактическая Республика, некогда символ порядка, теперь разделена и ослаблена. Долгая и изматывающая Война клонов ведётся между клонами-солдатами Республики под командованием канцлера Палпатина и дроидами Сепаратистов, которыми манипулирует граф Дуку. На поле боя рыцари-джедаи пытаются сохранить хрупкий мир, но теневая угроза растёт.
Фильм открывает новую трилогию в saga «Звёздных войн», возвращая зрителей в эпоху расцвета Республики. Политический кризис разгорается, когда коррумпированная Торговая федерация, подстрекаемая закулисными силами, вторгается на планету Набу. На кону — судьба мирных жителей и стабильности всей Галактики.