Фильм «G. I. Joe. Бросок кобры: Снейк Айз» — это масштабное приключение, раскрывающее происхождение одного из самых загадочных бойцов вселенной G.I. Joe. Снейк Айз — бездомный и суровый наёмник, живущий только ради выживания и боя. Его жизнь кардинально меняется, когда он спасает наследника могущественного японского клана Арасикагэ, владеющего древними техниками ниндзя.
Джек работает полицейским под прикрытием, и его жизнь строится на постоянном соблюдении конспирации, когда однажды он просыпается в пустой квартире с полным провалом в памяти — он не вспоминает ничего, что происходило с ним последние три дня. Ситуация быстро становится пугающей: дома нет его жены, а напарник, с которым они вели совместное дело, тоже бесследно исчез.
В недалёком будущем, спустя шестнадцать лет после исчезновения элитной экспедиции «Проект „Лима“», на Земле начинают происходить загадочные и разрушительные вспышки энергии. Их источник, по данным космического агентства, исходит с орбиты Нептуна — именно там пропала команда легендарного капитана Клиффорда Макбрайда, ставшего национальным героем.