Спустя десять лет после событий первой части Джон Олдман, теперь под именем Джон Янг, ведёт спокойную жизнь профессора в колледже Северной Калифорнии. Ему удаётся успешно скрывать свою истинную природу — быть многотысячелетним пещерным человеком — среди коллег и студентов. Однако его уединённое существование рушится, когда группа любознательных студентов случайно раскрывает его древнюю тайну.
Майк Фуканага живёт типичной жизнью американского подростка: ходит в школу, терпит шутки своего беззаботного лучшего друга Оуэна и пытается завоевать внимание симпатичной Аманды. Но всё меняется, когда он случайно обнаруживает скрытый проход в подвал семейного ресторана и находит там таинственные ниндзя-артефакты.