Суровая северная провинция, где разворачивается история, становится не просто фоном, а отдельным героем ленты. 12-летний Уэйн живет в глуши с родителями, страдает от застенчивости и трудностей с речью, из-за чего его часто не понимают сверстники и даже родные. Однажды во время прогулки он находит раненого беглого преступника, который скрывается от правоохранительных органов после неудавшегося...
После событий первой части Нью-Йорк снова на грани хаоса. Шреддер, заключённый в тюрьму, получает неожиданную помощь от профессора Стокмана и клана Фут. Используя передовые технологии, злодей разрабатывает план побега, который должен привести к катастрофическим последствиям для города. Эйприл О'Нил, раздобыв ключевую информацию из файлов учёного, пытается предупредить героев.