Действие разворачивается в 2013 году, в мире, разрушенном ядерной войной. Бывшие Соединенные Штаты Америки превратились в пустоши, где выжившие живут разрозненными общинами под властью жестокого генерала Бетлехема. Главный герой — странствующий актер, зарабатывающий на жизнь представлениями шекспировских пьес, — случайно находит форму и сумку почтальона.
Академия ниндзя — это лёгкая комедийная картина конца 1980-х, которая пародирует штампы боевиков про восточные единоборства, пользовавшиеся огромной популярностью в то время. Создатели не берутся за серьёзное раскрытие философии каратэ или ниндзюцу, а играют на узнаваемых для зрителя клише, смешивая их с абсурдными бытовыми ситуациями и простыми, но смешными шутками.