После событий первой части Соник обосновался в Грин-Хиллз, но тихая жизнь не для героя с его скоростью. Шанс доказать свою зрелость и храбрость выпадает сразу: доктор Эггман (Роботник) не сдался и вернулся с новым, ещё более грозным союзником — могучим ехидной Наклзом. Их цель — древний и бесценный Мастер-изумруд, артефакт, способный поглощать целые миры.
