Действие разворачивается в мире, где среди обычных людей живут мутанты — существа, получившие сверхспособности в результате генетической мутации, вызванной экспериментами с атомной энергией прошлых лет. Многие из них с детства сталкиваются с непониманием, страхом и агрессией со стороны остального человечества, не готового принять тех, кто отличается от общепринятой нормы.
В портовых дебрях Сан-Франциско, окутанных туманом и шумом грузовых кранов, разворачивается история о цене свободы. Из Гонконга в американскую гавань прибывает грузовое судно, на борту которого скрывается пассажир по имени Тоби Вонг. Он — не просто иммигрант в поисках лучшей доли, а беглец, навсегда порвавший с прошлым, связанным с могущественной и безжалостной корпорацией «Леунг».
Действие фильма разворачивается сразу после событий первой части истории: Шон уже привык к роли Гайвера, но до сих пор не может полностью контролировать способности тяжелого инопланетного био-костюма, который слился с его организмом. Парня мучают повторяющиеся кошмары, в которых он видит древние руины и неопознанные летающие объекты — утренние зарисовки этих снов не оставляют ему покоя, и он...