Фильм «Мадлен» переносит зрителя в атмосферу послевоенного Парижа, в стены уютной, но бедной частной школы для девочек во главе с доброй сестрой Клавель. Главная героиня — яркая, озорная и не по годам сообразительная сирота Мадлен, которая, несмотря на свой юный возраст, является настоящим духом этого заведения.
Действие картины разворачивается в 1798 году, когда египетская кампания Наполеона завершилась провалом, и обреченная армия французского императора вынуждена пересекать бесконечные пески Сахары. Солдаты отражают постоянные набеги воинов Мамелюков, борются с истощением, жаждой и разрушающим эффектом пустыни, которая стирает с лица земли целые отряды.