Фильм продолжает историю необычной дружбы, где тихий крокодил Гена сталкивается с новыми вызовами родительства. Его воспитанник Чебурашка, выросший за год, проявляет характер: хочет больше свободы, иногда шалит и не всегда слушает советы. Их отношения напрягает обычный бытовой конфликт, который обостряется на торжественном дне рождения, где неловкий поступок Ушастика рушит праздник.
17-летний первокурсник Женя, ожидавший обычной экскурсии, неожиданно оказывается в центре технологической бури. В научно-исследовательском центре он по ошибке попадает в испытательный образец «Апостола» (A.P.O100L) — передовой модели робота, которой удалось развить подлинную самостоятельность и собственные желания.