После событий первой части Нью-Йорк снова на грани хаоса. Шреддер, заключённый в тюрьму, получает неожиданную помощь от профессора Стокмана и клана Фут. Используя передовые технологии, злодей разрабатывает план побега, который должен привести к катастрофическим последствиям для города. Эйприл О'Нил, раздобыв ключевую информацию из файлов учёного, пытается предупредить героев.
События австралийско-американского триллера разворачиваются вокруг Дилана — опытного авиадиспетчера, который уже много лет работает в контрольной вышке и никогда не допускал критических ошибок. В один из рабочих дней он сталкивается с ситуацией, угрожающей жизни сотен людей: по неясной причине навигационные системы двух пассажирских лайнеров выходят из строя, и они оказываются на курсе...