Нико и Рик — легендарный дуэт профессиональных убийц, чья слава построена на безупречном, но безжалостном выполнении заказов. Их партнёрство распалось после смертельной ссоры из-за женщины, и с тех пор они работают в одиночку, стараясь не пересекаться. Однако прошлое не отпускает, когда на горизонте появляется новый, особенно опасный криминальный авторитет, опекаемый не менее жестокими и...
После событий первой части Соник обосновался в Грин-Хиллз, но тихая жизнь не для героя с его скоростью. Шанс доказать свою зрелость и храбрость выпадает сразу: доктор Эггман (Роботник) не сдался и вернулся с новым, ещё более грозным союзником — могучим ехидной Наклзом. Их цель — древний и бесценный Мастер-изумруд, артефакт, способный поглощать целые миры.